有機質肥料（ゆうきしつひりょう、Organic fertilizer）とは、生物（動物、人間、植物あるいは微生物）由来の資源（有機資材）を原料とする肥料である。
有機質肥料には、様々な植物や動物に由来するもの、発酵工業や食品工業から副産されるものなど非常に多くの種類があります。
狭い意味での有機質肥料とは、農水省の定める普通肥料の公定規格に記載されたものですが、家畜糞なども植物に養分を供給する能力からみれば有機質肥料と言えます。
改訂有機JASの規定に従えば、自然に産するものなら無機物でも有機質肥料の範疇に含められています。
堆肥など動植物質のものを原材料にした肥料。天然肥料ともいう。
土壌中の微生物により分解されたものを植物が吸収するので、遅効性だが効果が長もちする。
独特のにおいはあるが、窒素、リン酸、カリ以外の微量要素も含まれ濃度障害もない。元肥として使われます。